Alan was verdachte in de zaak Balyoz. Hij zou betrokken zijn geweest bij een samenzwering tegen de regering om het met geweld omver te werpen. Het Grondwettelijk Hof heeft bepaald dat er veel niet klopt in de zaak, en dat het opnieuw moet worden behandeld. De verdachten werden op vrije voeten gesteld.
Engin Alan was tot 2005 generaal in de Turkse strijdkrachten. Hij werd in 2010 gearresteerd. Voor de parlementsverkiezingen in 2011 werd hij gesteld als kandidaat van de nationalistische partij MHP. Hij werd gekozen, maar bleef tot vorige week gevangen.
Zijn eed werd bijgewoond door zijn vrouw en dochter.